[세무조사 이야기] 공익법인 사후검증 세무조사 추징 사례 출처 : 베테랑 회.. | 블로그

국세청은 2026년 4월, 공익법인 사후검증 과정에서 적발된 주요 추징사례를 발표하였습니다. 이번 사례는 공익자금의 사적 유용, 특수관계인에 대한 불법적 이익 귀속, 출연재산 보고의무 위반 등 공익법인의 다양한 의무 위반 유형을 담고 있으므로 실무에 참고하면 도움이 될 것입니다. 사례에 대한 이해를 위해 우선 공익법인에 대하여 간략하게 내용을 정리하겠습니다.

공익법인의 세무 (Source : 국세청 발간 2026년 공익법인 세무)

(1) 공익법인의 정의

상증법상 공익법인은 상증세법 시행령 제12조 각호에 열거된 공익사업을 영위하는 자를 말합니다. 상증법에서는 공익성을 고려하여 아래 1호부터 7호까지의 사업을 하는 자를 ‘공익법인등’으로 정의합니다. 일반적으로 법인세법상 비영리법인이 이에 해당하며, 그밖에 종교단체･공익단체(소득령 §80①⑸) 등 법인이 아닌 단체 등도 ‘공익법인등’의 범위에 포함됩니다.

1. 비영리내국법인‧거주자가 운영하는 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업

2. 「초･중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교, 「유아교육법」에 따른 유치원을 설립･경영하는 사업

3. 「사회복지사업법」의 규정에 의한 사회복지법인이 운영하는 사업

4. 「의료법」에 따른 의료법인이 운영하는 사업

5. 「법인세법」 제24조제2항제1호에 해당하는 기부금을 받는 자가 해당 기부금으로 운영하는 사업 (’19.1.1.이후부터 적용)

6. 「법인세법 시행령」 제39조 제1항 제1호 각 목의 규정에 따른 공익법인 등 및 「소득세법 시행령」

제80조제1항제5호에 따른 공익단체가 운영하는 고유목적사업

7. 「법인세법 시행령

(2) 일반기업회계기준과의 비교 : "공익법인회계기준에 규정되어 있지 않은 항목은 일반기업회계기준 적용"

[사례1] 공익법인 자금의 사적사용 및 공익목적 미사용

공익법인 A는 다음 두 가지 위반 행위로 증여세가 추징되었습니다.

① 이사장의 자녀가 건물을 신축하는 과정에서 공익법인 자금으로 해당 건물 공사대금을 대납하여 공익목적 외 사용에 해당하는 것으로 확인되었습니다.

② 과거에 출연받은 부동산을 매각한 후 매각대금의 일부를 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하지 않아 상증세법 위반이 확인되었습니다.

• 공익법인은 출연받은 재산(및 그 매각대금)을 반드시 직접 공익목적사업에 사용해야 하며, 이사장 일가의 사적 이익을 위해 자금을 지출하는 것은 엄격히 금지됩니다. 위반 시 해당 금액에 대해 즉시 증여세가 부과됩니다.

• 출연재산 매각 후 매각대금은 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용해야 합니다. 부득이한 사유가 있는 경우 사전에 관할 세무서에 보고하고 사유 소멸 후 1년 이내에 사용해야 합니다.

• 공익법인의 자금 집행은 이사회 결의 및 이사장 전결 사항으로 엄격히 관리하고, 모든 지출이 공익목적사업과 직접 관련된 것인지 사전에 검토해야 합니다.

• 공익법인의 임직원·이사는 공익법인 자금과 개인 자금의 엄격한 분리를 유지하고, 법인카드나 법인통장을 사적 용도로 사용하지 않아야 합니다.

[사례2] 공익법인 자금의 이사장 일가족의 사적사용

공익법인 B·C의 두 가지 사례에서 공익자금의 사적 유용이 확인되어 증여세 및 법인세·소득세가 추징되었습니다.

① 공익법인 B는 공익목적보다는 사교 목적으로 운영되는 모임의 수백만 원 상당 가입비를 이사장 사비 대신 기부금 등 공익법인 자금으로 대납하였습니다. 이에 대해 공익목적 외 사용으로 보아 증여세를 추징하였습니다.

② 공익법인 C의 이사장 일가는 지난 5년간 귀금속·면세점 쇼핑, 골프장 이용, 애완동물 관련 및 피부 미용점에서 약 0억 원 가량 법인 신용카드를 사적으로 사용하였습니다. 이에 대해 증여세 및 법인세, 대표자 상여처분에 따른 근로소득세가 추징되었습니다.

• 사교 모임 가입비, 골프장 이용료, 면세점 쇼핑비, 미용·애완동물 관련 비용 등은 어떠한 경우에도 공익법인 자금으로 지출할 수 없습니다. 이러한 지출은 공익목적 외 사용으로 즉시 증여세 부과 대상이 됩니다.

• 법인 신용카드는 공익목적사업 관련 지출에만 사용해야 하며, 이사장 일가의 사적 지출이 법인카드로 처리된 경우 해당 금액에 대한 증여세·법인세·소득세가 동시에 부과될 수 있습니다.

• 공익법인은 정기적으로 법인카드 사용내역을 검토하고, 사적 지출이 발생한 경우 즉시 자진 반환 또는 수정신고를 통해 세무 리스크를 최소화해야 합니다.

• 외부 회계감사 및 세무확인 의무를 이행하는 공익법인은 이러한 문제를 사전에 발견할 수 있으므로, 의무 이행을 충실히 해야 합니다.

[사례3] 특수관계인의 고용 및 출연재산 보고서 미제출

공익법인 D에서 다음 두 가지 위반 행위가 확인되어 증여세 및 가산세가 추징되었습니다.

① 공익법인 D는 출연자의 배우자·자녀·며느리 등 친족을 임직원으로 고용하고 급여(00백만 원)를 지급하였습니다. 출연자 또는 그 특수관계인을 임직원으로 고용하여 급여 등 경비를 지출하는 경우 해당 직·간접경비 상당액은 가산세 부과 대상입니다.

② 재산을 출연받은 공익법인은 출연재산 등에 대한 보고서를 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 제출해야 하나, 공익법인 D는 출연받은 미술품을 보고서에 신고하지 않았습니다. -> 조치: 특수관계인에게 지급한 급여액 상당의 증여세, 출연재산 보고서 미제출에 따른 가산세 추징(총 00백만원)

• 출연자 또는 그 특수관계인(배우자·자녀·형제자매 등)을 공익법인의 임직원으로 채용하는 경우 해당 직·간접경비 전액이 가산세 부과 대상입니다. 공익법인 운영 시 임직원 채용 전에 특수관계인 해당 여부를 반드시 확인해야 합니다.

• 출연재산(현금·부동산·주식·미술품 등)을 수령한 공익법인은 사업연도 종료일로부터 4개월 이내에 관할세무서에 출연재산 보고서를 제출해야 합니다(상증세법 시행령 제41조). 미제출 시 미제출 금액의 0.1%를 가산세로 징수합니다.

• 현금·부동산 외에 미술품·골동품 등 유형 자산 출연의 경우에도 보고 의무가 동일하게 적용됩니다. 출연받은 모든 재산을 빠짐없이 신고해야 합니다.

• 공익법인의 이사회는 임직원 채용 시 특수관계인 여부를 사전에 검토하고, 외부 세무전문가의 자문을 통해 관련 법령 위반 여부를 확인하는 것이 필요합니다.

공익법인 E는 소유 건물 부설 주차장 운영을 특수관계인 F에게 위탁하고, 특수관계인 F는 이를 G업체에 재위탁하여 G업체가 실제로 주차장을 관리하였습니다. 특수관계인 F에게 귀속된 수입과 F가 G업체에 지급한 용역수수료의 차액(운영차익)은 공익법인 E가 특수관계인 F에게 분여한 이익에 해당합니다. 이에 대해 부당행위계산 부인을 적용하여 해당 차익을 익금산입하고 법인세(000백만 원)를 추징하였습니다.

• 공익법인이 특수관계인에게 시장 가격보다 유리한 조건으로 재산을 사용·수익하게 하거나 수익을 분여하는 것은 법인세법상 부당행위계산 부인 대상입니다. 주차장 등 수익사업 운영을 위탁하는 경우 수탁자와의 계약 조건이 시장 가격에 부합하는지 확인해야 합니다.

• 특수관계인에 대한 위탁 계약 시, 실제 용역을 수행하는 업체와의 계약 관계 및 수익 귀속 구조를 투명하게 해야 합니다. 중간에 특수관계인이 개입하여 운영차익만 취하는 구조는 세무 리스크가 매우 높습니다.

• 공익법인의 수익사업 운영 시, 특수관계인과의 거래는 내부거래 심사를 거쳐 정상 거래 여부를 확인하고 이사회 의결을 통한 승인 절차를 밟아야 합니다.

• 외부 공인회계사 또는 세무사를 통해 매 사업연도 특수관계인 거래 내역을 검토하고, 부당행위계산 부인 위험 거래를 사전에 식별하여 계약 구조를 개선하는 것이 중요합니다.

이상으로 국세청에서 발표한 공익법인 사후검증 관련 세무조사 사례와 납세자의 대응 방안에 대해서 알아보았습니다.

끝까지 읽어주셔서 감사합니다!!!